MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia africae ESF-5 plasmid pRAF

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012634	ATAA	2	8	2241	2248	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012634	A	6	6	3045	3050	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012634	TTA	2	6	3069	3074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012634	A	6	6	3095	3100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012634	GAA	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012634	A	6	6	3771	3776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012634	GCA	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012634	TTG	2	6	3798	3803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012634	TTA	3	9	4511	4519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012634	GAT	2	6	4579	4584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012634	TTTA	2	8	4595	4602	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012634	AGCT	2	8	4605	4612	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012634	TGC	2	6	4619	4624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_012634	ATGA	2	8	4627	4634	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012634	ATT	2	6	4647	4652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012634	TAAA	2	8	4667	4674	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012634	TAT	2	6	6550	6555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012634	AACAA	2	10	6580	6589	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_012634	TAA	2	6	6622	6627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012634	A	6	6	6636	6641	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012634	ATA	2	6	6734	6739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012634	TTG	2	6	6748	6753	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012634	TA	3	6	6769	6774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012634	AAGA	2	8	6777	6784	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012634	ATG	2	6	6788	6793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012634	AATATA	2	12	6841	6852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012634	TAA	2	6	6895	6900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012634	TTA	2	6	6917	6922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012634	ATT	2	6	6931	6936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012634	T	7	7	6998	7004	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012634	ATCC	2	8	7022	7029	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_012634	TCT	2	6	7045	7050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_012634	TTG	2	6	7066	7071	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012634	C	6	6	7080	7085	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
35	NC_012634	AT	3	6	7090	7095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012634	AGA	3	9	7111	7119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012634	TCC	2	6	7190	7195	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_012634	CCT	2	6	7635	7640	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_012634	TTTAA	2	10	7650	7659	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012634	AGC	2	6	7692	7697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012634	CTT	2	6	7705	7710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012634	ATT	2	6	7712	7717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012634	T	6	6	7764	7769	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012634	AGT	2	6	10479	10484	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012634	TAA	2	6	10504	10509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012634	A	8	8	10508	10515	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012634	AAAT	2	8	10527	10534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012634	ATTT	2	8	10552	10559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012634	T	6	6	10557	10562	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012634	CTAG	3	12	11059	11070	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012634	CTAG	2	8	11075	11082	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_012634	ATT	2	6	11140	11145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012634	TC	3	6	11185	11190	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_012634	CTT	3	9	11192	11200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012634	TA	3	6	11958	11963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012634	T	8	8	11978	11985	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012634	TTG	2	6	12053	12058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012634	ATT	2	6	12069	12074	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012634	ACT	2	6	12111	12116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012634	CA	3	6	12184	12189	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012634	ACA	2	6	12202	12207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012634	ACA	2	6	12224	12229	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012634	ATG	2	6	12274	12279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012634	TTA	2	6	12280	12285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012634	TAA	2	6	12302	12307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012634	ATT	2	6	12344	12349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012634	ATA	2	6	12364	12369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.